徳川の治世となった江戸時代、戸隠には家康により千石の神領が寄進され、将軍家に手厚く保護された独立領である「朱印」が与えられました。
この時、家康は「戸隠山法度（とがくしさんはっと）」を定め、幕府支配による寺院統制を義務付けます。この法度により、戸隠一山では、天台宗の宗教的な行事を執り行うようになりました。

また、顕光寺とりわけ中院（現中社）・宝光院（現宝光社）の門前には12の院坊が立ち並び、商人・職人・農民などで賑わう門前町として栄え、現在の村の原型はこの頃出来上がっていた様です。
朱印地となってからも、霊山戸隠の神域は、家康を始め歴代将軍により神領として大切にされ、刀剣・馬具などに至っては、徳川の葵の家紋があしらわれる程でした。